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六月初三，皇帝大驾至淮安祭拜祖陵、视察水利并研究迁移祖陵方案。此时帝国上层士人无不知“今圣”之说，而皇帝欲迁祖陵以保江淮民生的事迹也广为人知。
淮安府九县二州民众听说皇帝欲迁祖陵以保生民，无不感恩涕下。家有余财者，欲兴土木为皇帝建生祠。锦衣卫以“皇帝人神之主，建生祠未知礼法如何”报闻。
皇帝在行在览奏，急召江淮巡抚制止，避免民众为此靡费。民间闻之，鼓吹朝廷允建声浪汹涌，行在通政司每日收到民众上奏请建生祠的奏章百余封。各地报纸无不鼓吹朝廷倾听民意，解决民众对皇帝的敬仰需求。
阁臣申时行建议将皇帝画像雕版印刷，供士民于家中供奉，以纾民心民意，皇帝嘉纳之。于是，从万历十六年起，皇帝画像逐渐遍及天下。与财神爷、灶王爷、门神相比，皇帝画像受到的待遇要好些，一般都在民家正堂。
随着圣驾向南方移动，皇帝声威日隆，江南民间无不以接驾为荣。凡行在所在，帝辇途径之地，民众往往自发围绕，欲一睹圣颜。梁梦龙等为了安保诸般事项，苦恼的头都大了。
凡皇帝驻跸之州府，其地民众的脖子恨不能仰到后背，而未能获得接驾之地方，官员则被士民指责——施政必是有不合皇帝意的地方，否则皇帝怎么不经过我们府县呢。
至于士人对“今圣”之说的看法，则爆发了较大的争议。赞同者说，皇帝不仅以“三论”总结并发挥了中国先哲的思想，并大兴格物之说解释万物——这本就是圣哲才能具备的能力。例如，格物学用三棱镜解释了光的组成，医学用显微镜解释了细菌致病的机理，都是今圣畅导格物之功。
反对者则说，皇帝三论之说，并未脱离先圣窠臼，所谓论实践，用孔子“学而时习之”就可以高度概括，不过是“知行相资以为用”；所谓论矛盾，无非是“新旧相除”的发展；只有大学摆证明的“论运动”，让时人的对“绝对运动”这一哲学命题有耳目一新之感——但比肩孔圣？还是等将皇帝盖棺论定之后再说吧。
在各地报纸上讨论这些的文章，一时间把读者们搞得头大。所谓“君子之德风，小人之德草，草上之风，必偃。”虽然皇帝畅导有教无类，但对于能在报纸上发表文章的“君子们”而言——我们在讨论哲学，你们闭嘴等着就行了。
但是申时行行动起来了，在圣驾即将抵达南京的时候，朝廷发出公文，要求各地所有学校和讲学之所必须悬挂皇帝像，并将皇帝的学说纳入必修课程。皇帝在日理万机的闲暇，也与申时行讨论一些历史唯物主义、辩证唯物主义，以及宇宙观、进化论等内容。
尽管只鳞片爪，但申时行领导着翰林院呢，自有大儒为皇帝辩经。他们将古往今来能与皇帝思想对应的古文翻找出来，表明皇帝思想源流上古并振隳发扬，言辞质朴而博大精深。因事关重大，朱翊钧很大一部分精力要放在这方面，称得上殚精竭虑。
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